По данным следствия, в 2019 году в рамках нацпроекта «Экология» Гапоненко подписал акты приёмки работ по строительству системы очистки воды, несмотря на отставание от графика и несоответствие установленного оборудования техническим требованиям. В результате подрядчику перечислили около 89 млн рублей, но объект не ввели в эксплуатацию.
Изначально экс-главу осудили условно, но позже приговор переквалифицировали на статью о халатности.