минеральные источники: «Бирские», «Красноусольские», «Якутовский солёный», «Ассы», «Красный Ключ»;
озёра и гидрологические памятники: «Яктыкуль», «Ургун», «Киешки/Аксаковское», «Шамсутдин», «Ташлинское болото», урочище «Шумиловский водопад»;
геологические памятники: «Гора Сатыртау», «Гора Сусактау», «Чуй-Атасевские обнажения глинистых сланцев с отпечатками плиоценовых рыб», «Дюртюлинский овраг»;
исторические лесные насаждения: дендропарки «Берендей» и Бирского ГПИ, группы кедров в Андреевке, сосновый бор у Венеции, старовозрастные посадки хвойных в Бакалинском лесхозе, культуры лиственницы в Туймазинском районе, сосновые посадки у станции Кандры и другие;
краснокнижное растение — венерин башмачок.
Охранных зон было 9, теперь стало 44. На территориях действуют экологические ограничения, муниципалитеты обязаны учитывать границы при застройке. Создание охранных зон — ключевой инструмент нацпроекта «Экологическое благополучие».